Hola @numero2222,
con estos datos en las tablas, lo que tenés que hacer es ampliar tu script de la webcam para que tenga el ID del alumno.
Si fuera el caso que el alumno está ingresando al sistema, podrías sacarlo de la variable de sesión que mantiene la conexión por ejemplo, o hacer una query al momento de cargar esta página con los datos del usuario.
Si fuera el caso de que hay un administrador que está actualizando las fotos, tendrías que darle algún mecanismo para que seleccione al alumno de la DB al que corresponde la imagen, y sacar el ID de ahí.
Lo anterior depende de cómo se llega a esta página y quién lo hace...
En ambos casos, luego debés enviar además de la imagen este ID por POST a tu script, para que puedas saber a qué alumno corresponde y actualizar el dato corecto.
PD: para qué hay un sleep(1) en tu código PHP??? Al revés de la mayoría de los programadores, querés que funcione más lento?