Question

¿Cual es la forma recomendada de guardar passwords para evitar que si alguien penetre a la base de datos los pueda utilizar?

Answer 1

Se deben guardar hashes de los passwords, empleando por ejemplo MD5:

insert into usuario(login,password) values ('usuario',md5('contraseña'))

Answer 2

Una forma sencilla que te da MySQL es la funcion PASSWORD, por ejemplo:

mysql> SELECT PASSWORD('mypass');
+-------------------------------------------+
| PASSWORD('mypass')                        |
+-------------------------------------------+
| *6C8989366EAF75BB670AD8EA7A7FC1176A95CEF4 |
+-------------------------------------------+

Para mas información aquí. Espero te haya servido.
Saludos.