Hola Elias,
no hagas eso! De esa forma tendrías todas las desventajas de los FRAME, que no solo se dejaron de usar, sino que desaparecieron del standard HTML, sino que además complejizarías mucho el código, impedirías que se pueda poner un marcador a una página, desaprovecharías la caché del navegador, tendrías que implementar algún indicador de "cargando", las sesiones se vuelven más complejas de manejar y un sin fin de desventajas más.
AJAX está muy bueno para actualizar una pequeña porción de una página, cuando el contenido es referente al de la página contenedora... para otros usos, hay que pensarlo dos veces, para reemplazar el flujo habitual de la navegación de un sitio tiene a mi criterio (y al del Tim O'Reily) muy poco sentido.
Saludos!
PD: si a pesar de todo esto querés hacerlo, con JavaScript empezá deshabilitando el comportamiento por default de los A, luego creá un manejador del evento click que derive a una función tuya, por último en esa función, analizá cuál A es el llamador y cargá asincrónicamente en el contenedor correspondiente el nuevo contenido (podrías basarte en el valor el HREF).
Mientras dura la llamada, poné algún "cargando" para que el usuario no crea que no pasa nada, porque el navegador no mostrará actividad.