Hola gislacasares,
vamos por partes: podés seleccionar todo el documento como haciendo Ctrl + A simplemente con:
content.getSelection().selectAllChildren(content.document.body);
todo = window.getSelection();
Luego, no le encuentro sentido la parte de llevarlo al portapapeles, ya que si el proceso del texto será un PHP, deberás enviarlo al servidor en dónde funciona el sitio web para el análisis, con lo que tenerlo en portapapeles de la computadora del cliente no te sirve de nada.
Lo que deberías hacer es enviar al servidor todo el texto seleccionado, por ejemplo cargando la selección a un campo oculto para enviarlo al servidor desde un formularios (ya sea con un submit o vía AJAX)
Juntándolo todo, podría ser:
<form action="tuScript.php" method="post" if="miForm">
<input type="hidden" id="data" name="data" value="">
</form>
<script type="text/javascript" >
function seleccionar(){
content.getSelection().selectAllChildren(content.document.body);
document.getElementById('data').value=window.getSelection();
document.getElementById('miForm').submit();
}
</script>
<a href="#" onclick="seleccionar()">seleccionar y enviar</a>
Esto te enviará al servidor todo lo seleccionado y lo recibirás vía $_POST["data"]
Saludos!
PD: como siempre, es posible haya que hacer algo un poco diferente para versiones viejas de IE.