¿Cual es la función de la siguiente sentencia?
ANALYZE TABLE tabla
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Son dos preguntas:
La query ANALYZE TABLE tabla analiza y almacena la distribución de clave para una tabla. En MySQL 5.0, funciona en tablas MyISAM, BDB, y InnoDB
MySQL usa la distribución de claves almacenada para decidir el orden en que las tablas deben hacer los joins cuando realiza uno en algo que no sea una constante.
Esta es la fuente de la información: http://dev.mysql.com/doc/refman/5.0/es/analyze-table.html
Respecto a tu segunda pregunta, sobre cómo ayudar a que las querys con join sean más eficientes, lo que debes hacer es tener como campos claves (preferiblemten únicos) a los campos usados para hacer la relación, y sobre todo que los valores sean núméricos enteros en vez de por ejemplo flotantes o de tipo cadena de caracteres: la eficiencia en el acceso a un registro por clave numérica es un orden de magnitud mejor que a otros tipos de datos.