Hola DGA: planteás varias cuestiones...
El sofware como bien dices está protegido por la Ley de Propiedad Intelectual, al igual que un cuento, una novela, una fotografía, una poesía, una canción o una película.
Técnicamente hablando, cada vez que vendes un software, no estás vendiendo el software como tal, sino que estás vendiendo una licencia de uso. Esta licencia de uso la puedes vender como más te guste: con acceso a los fuentes o no, con derecho a hacerle cambios o no, con derecho a redistribuirla o no, en cualquier combinación que elijas.
Esto responde a tu primer pregunta: cada vez que vendes una licencia de uso estás generando ganancias por derechos de autor, que es lo que el cliente te paga.
De esta forma sos vos el que recauda estos derechos, como pasa con casi todas las obras protegidas por la Ley de Propiedade Intelectual, con la única excepción de la música, que suele funcionar con un ente que se encarga de recaudar y distribuir los beneficios. También podría considerarse un caso similar con las distribuidoras de cine o las editoriales, pero esto es en realidad una elección del autor que firma un contrato (generalemente a cambio de publicidad y distribución de la obra) con un ente privado.
El caso más parecido a una "entidad de gestión de derechos de autor" en el software serían por ejemplo Google Play o App Store, pero afortunadamente todavía no exigen ser ellos el único canal de distribución.
Acá, preferimos autodistribuirnos y cobrar por nuestro trabajo intelectual directamente de la mano de cada cliente... y casi todo el software que hacemos se distribuye bajo licencia GPL.
PD: perdón por la largo de la respuesta, pero no se me ocurrió como condensarla más y que sea clara.
