Hola Gus,
estás confundiendo Software Libre con software gratuito.
El Software Libre, bajo licencia GPL o cualquier licencia compatible, puede cobrarse. e hecho en dónde trabajo vivimos de hacer, adaptar y vender Software Libre.
Que tu producto sea Open Source (mostrás las fuentes) no significa que sea Software Libre o que use una licencia compatible. Hay software privativo Open Source, como el kernel de MS Windows, del que se pueden ver los fuentes y compilarlo, pero que no se permite modificarlo, ni redistribuirlo, ni usarlo con cualquier otro propósito que no sea invertigar el código: eso no es Software Libre.
Ser Software Libre implica ser Open Source, pero ser Open Source no significa ser Software Libre.
Volviendo a tu software, si usás alguna licencia de Software Libre como la GPL o alguna compatible, podés usar la versión libre y gratuita de MySQL. Si tu software no es Software Libre, quien lo use deberá adquirir una licencia de MySQL.
Importante:: si tu software es independiente de MySQL, es decir, si no estás modificando MySQl y no las estás embebiendo en tu producto, tu software puede tener cualquier licencia y se puede usar la versión libre y gratuita de MySQL.
Esto es porque de esta manera, no hay dependencias entre un código fuente y otro, y por tanto las licencias de los dos software no tienen que ser la misma.
http://www.mysql.com/about/legal/
http://www.xaprb.com/blog/2009/02/17/when-are-you-required-to-have-a-commercial-mysql-license/
Saludos!