Cualquier archivo con un tipo de extensión determinada, como se especifica o se determina para que se habrá con dicho programa, la cuestión es saber como se hacer procedimiento(como funciona), para después programarlo en Java.
Les agradezco mucho ya busque en la red y solo explican muy poco, como diciendo es por el tipo de extensión.
Como lo he buscado es:
extensiones de archivos
como funcionan los programas con doble clic
asociación de extensión de archivo con java