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indexar tablas sql para mejorar la velocidad de las consultas

Me gustaría saber como poder indexar correctamente las tablas. Soy un poco inexperto en este área pero creo que voy a necesitar regenerar los índices de dichas tablas porque contienen mucha información.
Actualmente la consulta ejecutándola en Mysql Workbench tarda 1.031 seg, pero al hacerla a través de la página puede llegar a tardar más de 5 o 10 min en mostrar todos los resultados. (La web está en PHP).
¿Alguien me puede pasar algún enlace donde se explique bien detalladamente como hacer este proceso?
O alguna explicación que me ayude a entenderlo mejor y así poder empezar a probar para mejorar la velocidad.

Muchas gracias.

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