Hola mrgenis,
no hay forma de obtener un vínculo válido si el archivo no está en el DocumentRoot del servidor web o en un subdirectorio de él.
Sin embargo, es simple resolverlo con PHP, que sí puede ver todo el disco (salvo que el servidor tenga impuestas retricciones con OpenBaseDir):
Sería así:
<?php
// abre el archivo en modo binario
$nombre = '/systems/app/files/'.$_GET['archivo'];
$fp = fopen($nombre, 'rb');
// envía las cabeceras necesarias según el tipo de archivo, por ejemplo
header("Content-Type: image/png");
// El tamaño del archivo
header("Content-Length: " . filesize($nombre));
// le dice al navegador que es una descarga para que muestre el diálogo de guardar
header("Content-Disposition: attachment; filename=\"{$_GET['archivo']}\"");
// vuelca la imagen y detiene el script
fpassthru($fp);
exit;
?>
Si el script se llama por ejemplo descargar.php y querés descargar el archivo imagen.png, lo llamarías así: descargar.php?imagen.png
Tendrías que agregar un if o switch para que el script emita el Content-Type corercto dependiendo del tipo de archivo.
Si tenés por ejemplo los nombres de los archivos para descargar en una tabla de base de datos, al script descargar.php podrías pasarle el ID del registro, y en el propio script hacer la query para obtener el nombre.
El código es una adaptación de ejemplos del manual de PHP:
http://ar2.php.net/manual/es/function.fpassthru.php
http://ar2.php.net/manual/es/function.header.php
Saludos cordiales!