Hola Carlos.
Si ya tienes conocimientos con PHP, MySQL, HTML, CSS y JS, te va a ser super sencillo trabajar con WordPress.
Creo que la documentación que buscas es el Codex de WordPress, ahí viene bastante información para aprender hacer de todo un poco y entender como funciona WordPress.
El desarrollo no tiene que ser siempre con plugins, la verdad es que tienes muchas opciones.
- Puedes desarrollar tu propio theme con las funciones que necesites.
- Puedes adaptar cualquier theme a tu gusto y modificarlo de la misma manera. Te recomiendo que hagas justamente eso para empezar, modificar el tema por omisión o alguno de los miles disponibles para entender como funciona.
- Puedes incluir funciones en tu tema para modificar y extender el comportamiento de prácticamente lo que sea.
- Puedes crear cosas a medida para modificar tanto el backend como el frontend con funciones o plugins.
- De que manera se comunica WordPress internamente facilita mucho las cosas, eso en cuestión de un par de días para que lo entiendes y avanzas muy rápido.
- Nunca Modifiques el core de WordPress, todo hazlo desde el theme, un archivo de funciones o plugins.
- El repositorio de plugins de WordPress es inmenso, ahí puedes encontrar de todo y para hacer lo que sea.
De tus dudas de forma resumida es que puedes extender cualquier aspecto de WordPress, tanto la administración, como lo que ve el usuario.
Puedes crear todas las tablas que quieras (pero no modifiques el core). Normalmente esto se hace con plugins en los cuales tienes las funciones que quieras.
Lo que yo te recomiendo es que lo instales, busques plugins que ya hagan lo que tu quieres y juegues con eso. Verás que en muy pocos días vas a entender todo muy bien y más con la base que ya tienes.
Si buscas cosas específicas encontrarás muchísima información, porque como bien dices, no hay donde encontrar todo junto para entenderlo, pero por partes, hay información de sobra.
En su tiempo hice Noticias WordPress (que tengo abandonado). Mira la categoría de funciones, ahí hay algunos ejemplos de como hacer ciertas cosas y creo que te puede ayudar a entender como funcionan las funciones. hay un articulo que explica de forma resumida que son las funciones en wordpress, como crearlas y demás.
Y claro, cuando tengas dudas, para eso esta entre Desarrolladores :D Pregunta lo que necesites y en lo que pueda con mucho gusto te ayudo.
A ver si hay alguien más que te de su opinión, por mi parte, solo es instalarlo y empezar a jugar con el, verás que bien.
(Gracias Leo por las flores :D pero me falta mucho para experto)