Hola Luis,
yo la verdad que no le veo inconvenientes a usar Bootstrap o algún otro framework de maquetación maduro para un proyecto empresarial.
Por un lado, estas piezas de código se encargan solo de la maquetación y de cuestiones visuales, por lo que no tienen impacto en el código, lo que significa que dar mantenimiento a la aplicación no tiene consecuencias. Sé prolijo en mantener la separación MVC, y Bootstrap quedará como una parte de la Vista nada más.
Por otro, es más probable que salgan versiones nuevas de Bootstrap que den soporte a versiones nuevas de navegadores tanto web como móviles, que consigas presupuesto para hacer estas mejores como parte del mantenimiento del software.
Lo peor que te puede pasar, es que la estética del sitio no cambie, si no hay o no quieres actualizar la versión de la herramienta que elijas. También que cambiar en el futuro la estética implique pasar a una nueva versión, o directamente cambiar de framework.
En resumen: yo lo usaría tranquilo.